1. 知识产权的归属与使用：合同应明确知识产权的权属，包括专利、商标、著作权等，并规定双方的权利和义务。例如，合同可以约定新产生的技术成果的所有权归属，以及利用一方提供的技术成果进行升级所产生的新成果的知识产权归属问题。
2. 许可与转让：合同中应明确是否授予特定知识产权的许可使用，以及许可的条件、范围、期限和地域等。合同还应规定在特定情况下是否允许将知识产权进行转让。
3. 保密义务：合同应包含保密条款，要求双方对对方提供的技术背景资料、数据、经营信息等保密，包括保密范围、保密时间和违约责任等。
4. 侵权责任与补救措施：合同应规定防止知识产权侵权行为的措施，如立即停止使用并要求赔偿损失。合同还应明确违约责任和解决方式，以确保权利的有效保护。
5. 经济保护措施：合同中可以约定知识产权的评估和价值计算，以及侵权赔偿的经济规定。
6. 技术保护措施：合同可以规定使用加密、访问控制等技术手段来保护知识产权。
7. 法律适用与争议解决：合同应明确适用的法律法规，并规定争议解决机制，如友好协商或诉讼。
8. 其他特殊条款：例如，在某些合同中，可能还会涉及对预先存在的知识产权的保留、授权使用范围、利益分配等内容。
通过上述条款的设计，合同能够有效预防因知识产权归属不清或使用不当引发的争议，保障合作双方的合法权益，并促进项目的顺利实施。
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