当阿里云虚拟主机遭受黑客攻击，导致网站代码被恶意修改而无法访问时，可以采取以下应对和防护措施：
1. 立即停机并更改密码：首先应立即停机以阻止黑客进一步操作，并更改所有相关账户的密码，包括FTP、数据库和云虚拟主机的管理密码，确保使用复杂且唯一的密码。
2. 检查网站程序源码：检查FTP和数据库的访问记录，确认是否存在异常登录或修改行为。确保FTP和数据库密码的安全性，避免弱密码或泄露。
3. 排查挂马攻击：使用云安全中心或其他工具检测网站是否存在挂马文件或后门程序，并及时清除这些恶意代码。可以通过自动化工具或手动检查网站目录来完成此步骤。
4. 修复网站程序漏洞：检查网站程序是否存在漏洞，尤其是Web程序的漏洞，如SQL注入、XSS攻击等。如果发现漏洞，应尽快联系开发人员进行修复。
5. 使用Web应用防火墙（WAF） ：启用阿里云的Web应用防火墙（WAF），通过其过滤恶意流量和攻击，保护网站免受进一步的攻击。
6. 更换为更安全的产品：考虑将云虚拟主机升级为ECS（弹性计算服务），自行搭建防火墙和网站环境，以提高安全性。
7. 限制访问权限：筛选疑似攻击IP，限制其访问网站，同时对管理员账户进行权限管理，避免普通用户执行关键操作。
8. 定期备份数据：确保定期备份网站数据，以便在遭受攻击时能够迅速恢复，减少数据丢失的风险。
9. 加强安全意识培训：提高网站运营人员的安全意识，定期进行安全培训，了解最新的网络安全威胁和防护措施。
10. 使用HTTPS协议：确保网站使用HTTPS协议，保护数据传输过程中的安全性。
通过以上措施，可以有效应对阿里云虚拟主机遭受黑客攻击的情况，并采取预防措施避免类似事件再次发生。
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