404错误是Web服务器返回给浏览器的一种HTTP状态码，表示客户端请求的资源在服务器上未找到。当根据VPS子目录绑定域名后，出现404错误时，说明访问者试图通过该域名获取的网页或文件不存在于对应的子目录中。
二、检查配置文件
首先需要检查服务器配置文件，如Apache的httpd.conf或者Nginx的nginx.conf。查看是否正确设置了虚拟主机（VirtualHost）以及相关路径映射关系。确保指定的DocumentRoot指向了正确的子目录，并且没有拼写错误等低级失误。
三、验证URL路径与实际物理路径对应关系
确认网站程序中的链接地址与服务器端的实际物理存储位置相匹配。例如，如果在代码里定义了一个图片的相对路径为”/images/logo.png”，那么就要保证这个图片确实存放在相对于网站根目录下的images文件夹内。
四、排查Rewrite规则
如果使用了URL重写技术（.htaccess或其他方式），则要仔细审查这些规则是否有误。不恰当的Rewrite指令可能会导致原本存在的页面也被视为“找不到”，进而触发404响应。
五、检查权限设置
确保目标子目录及其包含的所有文件都具有适当的读取权限。对于Linux系统而言，一般建议将静态资源文件夹设为755权限，而文件本身保持644即可。还需留意SELinux等安全模块是否会干扰到正常访问。
六、启用详细的日志记录功能
开启更详尽的日志级别可以帮助我们更好地理解问题所在。对于Apache来说，可以在httpd.conf中调整LogLevel参数；而对于Nginx，则可以修改error_log指令后的参数值。这样做之后重新启动服务，再尝试访问那个出错的页面，然后去查看最新的日志条目寻找线索。
七、考虑缓存因素
有时候即使服务器端已经修正了所有可能引起404的问题，但由于浏览器本地缓存的缘故，用户仍然看到的是旧的状态。在测试过程中不妨清除一下缓存，或者直接使用隐身模式浏览。
八、联系托管服务商
如果您不是特别熟悉服务器管理方面的知识，遇到难以解决的情况时不要犹豫，及时向VPS提供商的技术支持团队寻求帮助。他们往往拥有丰富的经验来快速定位并解决问题。
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